Captures d'écran

La capture d'écran ci'dessous utilise les données analysées dans De Gregorio et al. PNAS 2001 et De Gregorio et al. EMBO J. 2002 prétraitées avec la méthode décrite ici.

La configuration de THEA présentée ici utilise 6 plugins. Certains sont hérités de DAGEdit : le "Terms viewer" (en haut, à gauche), permet aux utilisateurs de naviguer à l'intérieur des ontologies chargées et de sélectionner des termes d'intérêt. Le "DAG Viewer" (en haut, à droite) affiche une version de l'ontologie ne contenant que les noeuds menant au terme sélectionné.

Les autres plugins ont été développés dans le cadre du projet : le "Gene Displayer" (au milieu, à gauche) affiche les gènes associés au terme sélectionné (dans le cas présent, sont visualisés les 86 gènes associés au terme "immune response" et à ses descendants) et permet d'activer des liens hypertextes vers des ressources disponibles sur Internet concernant chacun de ces gènes (publications, bases de données). Le "Search Panel" (en haut, au centre) permet aux utilisateurs d'effectuer des recherches sur des termes ou des gènes d'intérêt. Dans l'exemple, le terme "immune response" a été selectionné. Le "Classification Tree Viewer" (en bas, à droite) permet l'affichage des classifications hiérarchiques effectuées sur les profils d'expression des gènes. Les profils d'expression sont affichés à la droite de l'arbre avec des codes de couleur. Les gènes associés au terme sélectionné et à ses descendants sont identifiés par des barres de couleur. Comme dans le "Gene Displayer", un clic-droit de la souris permet d'avoir accès aux informations disponibles sur le gène. Les noms, automatiquement assignés à chaque clusters sont également affichés dans ce plugin. Le "Classification Caption" (en bas, à gauche) affiche les légendes des codes de couleur ainsi que quelques informations statistiques sur les sélections effectuées.