Thea v1.3 est disponible sur la page de téléchargement.

Cette version permet d'utiliser la base de données java HSQLDB pour stocker les données de Allonto. Pour faciliter l'installation et le chargement de la base de données, il est possible de télécharger une version incluant la base de données HSQLDB et les données de Allonto. Toutes les opérations nécessaires à la mise en place de la base de données sont alors effectuées de manière transparente par la procédure d'installation.

L'article THEA: Ontology driven analysis of microarray data a été publié dans Bioinformatics vol. 20 issue 16 (résumé, texte complet PDF)

Thea v1.2.3 est disponible sur la page de téléchargement.

Cette version inclut un nouveau plugin nommé "GenomeViewer" qui permet de visualiser les gènes sélectionnés sur un carte chromososomique. Ce plugin permet de localiser très facilement un ensemble de gènes qui sont co-exprimés, annotés avec un terme commun ou encore sélectionnés manuellement (voir la rubrique premiers pas pour un exemple d'utilisation).

Pour utiliser ce plugin, il est nécessaire de mettre à jour la base de données AllOnto dans une version 1.2 ou supérieure.

Un article présentant le logiciel Thea a été accepté par le journal Bioinformatics. Il sera publié prochainement sous le titre THEA: Ontology driven analysis of microarray data.

Thea v1.2 est disponible sur la page de téléchargement.

Cette version inclut les fonctionnalités suivantes :

• possiblité de choisir entre la loi binomiale et hypergéométrique pour le calcul des p-values
• prise en compte de plusieurs schémas de couleur pour l'affichage des niveaux d'expression (vert-noir-rouge, bleu-blanc-jaune et bleu-blanc-rose)
• ajout du plugin SelectionView permettant de visualiser de manière détaillés les groupes de transcrits sélectionnés

Pour utiliser cette version, vous devez également télécharger et installer la version 1.1 de la base de données allonto disponible également sur la page de téléchargement.

Thea v1.0 est disponible sur la page de téléchargement.